建安四年199年四月，曹操派部将北渡黄河，击斩依附袁绍的眭固，攻占射犬今河南武陟西北，控制河内郡治怀县，今河南武陟西南。由于曹操在内线作战中，集中兵力，各个击破，速战速决，逐步由弱变强，据有兖、豫、徐等州，为抗击袁绍集团准备了条件。

此时，袁绍击灭幽州公孙瓒，成为北方最强大的割据势力。六月，河北割据势力袁绍统带精兵10万，战马万匹，企图南下进攻许昌。

围绕着是否抗袁的问题，在曹操集团内部又展开了一场辩论。名士孔融反对与袁绍抗争，他说“袁绍地广兵强，有田丰、许攸等谋臣替他出谋划策，审配、逢纪等忠臣为他做事，颜良、文丑勇冠三军，为他统领军队，恐怕很难战胜啊”荀彧说“袁绍兵虽众而法令不整肃，田丰刚愎而好犯上，许攸贪婪而不检束，审配专权而无谋，逢纪果决而刚愎自用，这两人料理后方，如果许攸家犯了法，一定不会放过，不宽纵，许攸必然叛变。至于颜良、文丑，不过匹夫之勇罢了，可以一战而擒”一席话，坚定了曹操战胜袁绍的信心。

建安五年200年，官渡之战爆发。九月，曹军军粮将尽，士卒疲惫，曹操写信给荀彧，准备退守许昌。荀彧回信说“眼下军粮虽少，还比不上楚、汉在荥阳、成皋之间那样艰难。当时刘、项双方都不肯先退，先退的一方必定处于被动。您以仅及敌之十分之一的兵力，就地坚守，扼住敌人咽喉使其不能前进，已经半年了。敌人的底细已经清楚，锐气已经枯竭，局面必将有所变化，这正是使用奇谋的良机，不可失去啊”曹操采纳其建议，继续坚守待机。不久，许攸家人犯法入狱，许攸怒而投奔曹操，献计偷袭乌巢。曹操遂以奇兵袭乌巢参见乌巢之战，斩淳于琼等人，歼灭袁军7万余人，袁绍仅带800骑兵渡河北逃，从此一蹶不振。曹操最终取得这场战略决战的胜利，奠定了统一中国北方的基础。

而“审配以许攸家不法，收其妻子，攸怒叛绍；颜良、文丑临阵授首；田丰以谏见诛”等，和荀彧所预见的完全一样。曹操取得官渡之战胜利，袁绍败退北走，遣军屯于仓亭今山东阳谷境。

建安六年201年三月，曹操欲南击曾与袁绍结盟的荆州刘表。荀彧认为“现在袁绍失败，部众离析，应趁此机会，一举平定河北；我们背靠兖州、豫州，如远征江、汉，这时袁绍要是收其残部，乘虚攻击我们的后方，您的大事就完了。”曹操纳其计，遂于四月挥军北进，扬兵于黄河之上；对驻守仓亭的袁绍军发起攻击，一举歼灭仓亭袁军。至此，袁绍主力丧失殆尽。九月，曹操班师返许今河南许昌东。

建安七年202年五月，袁绍因兵败惭愤，呕血而亡，其子袁谭、袁尚为争夺继承权相互攻伐。

建安八年203年，曹操上表，封荀彧为万岁亭侯。正在担任尚书令的荀彧看到了曹操的表文。他非常谦虚，认为自己没有战功，把表压了下来。因此，曹操又写信给他说“同你共事以来，你帮着纠谬辅政，荐举人才，提出计策，周密谋划，做得已很多了。立功不一定都靠作战，希望你不要推让。”荀彧这才接受万岁亭在今河南新郑县内侯的封爵。

建安九年204年，曹操攻克邺城，领冀州牧。有人对曹操说“宜复古置九州，则冀州所制者广大，天下服矣。”曹操将要从之，荀彧却反对，曹操从之。

当时，荀攸为曹操谋主，荀彧与荀攸分主内外，都是地位显贵。荀彧将所赐之物皆散给族人和朋友，家无余财。曹操还将安阳公主许荀彧长子荀恽为妻。

建安十年205年，河东叛乱，曹操让荀彧举荐贤才，荀彧曰“西平太守京兆杜畿，勇足以当难，智足以应变”。曹操遂让杜畿为河东太守。杜畿到任后，平定叛乱，广施仁政，在任十六年，政绩获誉天下第一。

建安十二年207年三月，增荀彧食邑千户，前后共计二千户。还要授以三公当时以太尉、司徒、司空为三公之职，荀彧使荀攸推辞十几次才作罢。

建安十三年208年，曹操准备讨伐刘表，问计于荀彧，荀彧说“今华夏己平，南土知困矣。可显出宛、叶而间行轻进，以掩其不意”。曹操南征，八月，刘表病死，曹操遂得荆州。

建安十七年212年，曹操欲进爵国公、加封九锡九锡是古代帝王对大臣的九种赏赐，有车马、衣服、乐器、武士、弓矢等，这是对大臣的最高礼遇。荀彧认为“曹公本兴义兵以匡朝宁国，秉忠贞之诚，守退让之实；君子爱人以德，不宜如此”，因此惹怒了曹操。

同年，曹操征孙权，让荀彧到谯县劳军，荀彧到达以后，曹操乘机把他留在军中。封荀彧为侍中、光禄大夫，持节，参丞相军事。曹操军至濡须，荀彧因病留在寿春今安徽寿县，不久忧虑而死关于荀彧的死，史书上还有这样的说法当时曹操赠送食物给荀彧，荀彧打开食器，见器中空无一物，因此被迫服毒自尽15，时年五十岁。谥号敬侯。其子荀恽嗣，后官至虎贲中郎将。17次年，曹操进封魏公。

咸熙二年265年，追赠荀彧为太尉。

荀彧作为曹操统